Η αρχαία Σάμος (Πυθαγόρειο) εθεωρείτο μία από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαιότητας. Τόσο σε αυτήν όσο και στο χώρο του Ηραίου, τα παλαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα χρονολογούνται στην 4η χιλιετία π.Χ. Η περίοδος της ακμής της Σάμου τοποθετείται χρονικά στα μέσα